Daihatsu Xenia 1.000cc adalah sebuah pilihan dari PT Astra Daihatsu Motor (ADM) selain dari varian 1.300cc. Namun, varian ini hanya hadir pada generasi pertama Xenia dan tidak lagi diproduksi setelahnya. Xenia pertama kali diperkenalkan pada tahun 2003 di Jakarta dalam ajang Gaikindo Auto Expo. Setahun kemudian, Daihatsu Xenia telah terjual 100 ribu unit, bersama dengan Toyota Avanza, keduanya dinobatkan sebagai Mobil Sejuta Umat. Generasi pertama Xenia memiliki tiga tipe, yaitu Mi, Li, dan Xi. Mi dan Li menggunakan mesin 1.0 liter sementara Xi menggunakan mesin 1.3 liter, dengan transmisi manual 5 percepatan.
Daihatsu Xenia juga menawarkan berbagai aksesoris Daihatsu Genuine Accessories (DGA) untuk setiap tipe utama, seperti Plus, Deluxe, Family, dan Sporty. Pada tahun 2009, Xenia generasi pertama mengalami facelift pertama kali dan diluncurkan dengan transmisi otomatis 4 percepatan. Facelift berikutnya terjadi pada tahun 2008 dan 2009 dengan perubahan di bagian eksterior dan interior.
Xenia 1.000cc merupakan varian paling terjangkau dengan tipe Mi dan Li. Xenia Mi adalah varian basic yang ditujukan untuk segmen fleet sebagai mobil operasional perusahaan karena bandel, murah perawatannya, hemat bahan bakar, dan nyaman untuk digunakan sehari-hari maupun perjalanan jauh.
Meskipun memiliki beberapa kelebihan, Daihatsu Xenia 1.000cc juga memiliki beberapa kekurangan yang perlu diperhatikan. Mesin 3 silinder menghasilkan getaran yang cukup keras dan terasa di dalam kabin. Xenia 1.000cc masih menggunakan timming belt yang perlu diganti setiap 100.000 km untuk menghindari kerusakan.
Xenia 1.000cc hanya tersedia dengan transmisi manual dan tidak dilengkapi dengan power window di semua jendelanya. Interior Xenia Mi minim akan fitur dan teknologi modern, seperti power steering, laci penyimpanan, cup holder, dan lainnya. Meskipun harga bekasnya mulai dari Rp70 jutaan, kekurangan tersebut perlu menjadi pertimbangan bagi calon pembeli mobil ini.
Meskipun Daihatsu Xenia 1.000cc merupakan pilihan yang populer di Indonesia, ada beberapa kekurangan yang perlu diperhatikan, seperti mesin yang kurang bertenaga, getaran yang kuat, dan kurangnya fitur modern di dalamnya. Bagi yang mencari keseimbangan antara harga dan kualitas, kekurangan tersebut perlu dipertimbangkan sebelum membeli Daihatsu Xenia 1.000cc.